با توجه به اهمیت و ضرورت پژوهش، بی شک یکی از مهمترین رسالت های هر واحد دانشگاهی اهتمام ورزیدن به تحقیقات کاربردی و پژوهش های علمی است و دانشکده فناوری های نوین علوم پزشکی اصفهان اهتمام ویژه ای به انجام و ارتقاء کیفی و کمی پژوهش دارد. در دانشکده فناوری های نوین علوم پزشکی اصفهان، یکی از حوزه های هدفمند و تأثیرگذار درجهت فراهم نمودن بستر مناسب برای انجام فعالیت های پژوهشی و تولید علم، معاونت پژوهشی دانشکده می باشد. بدین منظور معاونت پژوهشی دانشکده با تنظیم سیاستهای پژوهشی و تحقیقاتی و اجرای راهکارهای مختلف تلاش می نماید تا اعضای محترم هیات علمی و دانشجویان با تلاش مضاعف به انجام تحقیقات کاربردی قابل رقابت و با توجه به نیازهای پزشکی کشور اقدام نمایند. معاونت پژوهشی با همکاری تمام اعضاء هیات علمی و دانشجویان در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی در رشته های "بیوالکتریک و مهندسی پزشکی" ، "بیومتریال، نانو تکنولوژی و مهندسی بافت" ، "بیوانفورماتیک" و "گروه فناوری تصویربرداری پزشکی " ، تلاش برنامه ریزی شده ای برای هدایت و حمایت دانشجویان و ایجاد بستر مناسب برای فعالیت های علمی و پژوهشی به عمل آورده و می آورد. حاصل این تلاش دسته جمعی تدوین پایان نامه ها و رساله ها، چاپ و ترجمه کتابها، چاپ صدها مقاله در مجلات معتبر خارجی و داخلی، ثبت اختراع، شرکت و کسب افتخار در جشنوارهها و عقد قرار دادهای پژوهشی با مراکز بیرون از دانشگاه بمنظور رفع نیازهای کشور بوده است.